Վարչատնտեսական մասը ներառում է տնօրինությունը, հաշվապահությունը, տնտեսական մասը` կրտսեր սպասարկող անձնակազմով, ավտոպարկը, հնագիտական հանգրվանների պահպանության ծառայությունը, կաթսայատունը: Ինստիտուտի ենթակառուցվածքի մաս են կազմում նաև դաշտային հետազոտություններ իրականացնող հնագիտական արշավախմբերը:
Տնօրեն՝ Արսեն Բոբոխյան
Փոխտնօրեն՝ Տորք Դալալյան