Ինստիտուտում գործում է երկու գիտական խորհուրդ. ՀՀ ԳԱԱ Հնագիտության և ազգագրության ինստիտուտի գիտական խորհուրդ ՀՀ ԳԱԱ Հնագիտության և ազգագրության ինստիտուտում գործող ԲՈԿ-ի հնագիտության և ազգագրության 007 մասնագիտական խորհուրդ